노무현 대통령은 27일 서울대 황우석 교수의 배아줄기세포 연구 난자 출처 의혹을 보도한 MBC PD 수첩에 대한 광고중단 등 비난 여론에 대해 “나도 MBC의 이 기사가 짜증스럽다. 그러나 막상 MBC의 이 보도가 뭇매를 맞는 모습을 보니 또 다른 걱정으로 가슴이 답답해진다”고 말했다. 노 대통령은 이날 청와대 홈페이지에 기고한 ‘줄기세포 관련 언론보도에 대한 여론을 보며’라는 글을 통해 MBC 보도와 관련한 논란에 대해 “광고가 취소되는 지경에 이르면 이것은 도를 넘은 것”이라고 밝혔다. 노 대통령은 앞서 “황 교수 줄기세포에 관해 MBC PD 수첩에서 취재를 한다는 보고가 있었고, 처음 취재방향은 연구자체가 허위라는 것이며, 그 일로 황 교수가 매우 힘들어한다는 것이었다”며 “참으로 황당한 일이었지만 대통령이 나서서 뭐라고 할수 있는 일도 아니었고, 안타깝고 답답한 일이지만 경과를 지켜보는 수밖에 없었다”고 당시의 입장을 설명했다. 노 대통령은 또 MBC PD 수첩의 취재 방식과 보도 태도에 대해서도 노 대통령은 "연구과정의 윤리에 관해 경각심을 환기시키는 방법이 꼭 이렇게 가혹해야 할 필요가 있을까 하는 생각도 했다"고 문제점을 지적했다. 노 대통령은 이어 “(황 교수의) 연구도 전화위복이 될 수도 있겠고,국민들의 지지가 뜨거워 모두가 힘을 모아주면 국제적인 신뢰회복의 문제도 극복이 가능할 듯 싶었다”고 말했다.