중기부 격상 이야기가 나오는 것은 정부 부처가 아니다 보니 중기 지원을 위한 종합정책 수립과 집행에 한계가 있기 때문이다. 여러 부처·기관이 제각각 중기 관련 업무를 맡는 바람에 정책 추진의 동력이 떨어지는데다 중기청만으로는 국회에 법안조차 발의할 수 없는 상황이다. 이런 구조에서는 우리나라 일자리의 80% 이상을 책임지고 있는 중소기업에 대한 지원이 제대로 될 수 없다는 논리다.
하지만 정부 기능 재조정 없이 추진될 경우 자칫 벌집을 건드릴 수도 있다. 현재 중기 관련 업무는 여러 부서에 흩어져 있다. 창업은 중기청과 미래창조과학부가, 연구개발(R&D)은 미래부와 산업통상자원부가, 수출 지원은 KOTRA가 나눠 맡고 있다. 현재처럼 중소기업청일 때는 해당 부처의 예산을 받아 집행하면 그런대로 굴러가겠지만 중기부로 격상되면 이야기가 달라진다. 만일 부로 격상된 후에도 창업과 R&D 등 중기 관련 업무가 여러 부처에 분산돼 있다면 업무중복과 이로 인한 부처 간 주도권 다툼으로 혼란이 생길 수밖에 없고 이 상태가 이어지면 제대로 된 중기 지원이 이뤄지기 어렵다. 따라서 단순히 중기청을 중기부로 격상하는 것만이 능사는 아니다. 자칫 정부 조직 전체가 혼란에 빠질 수도 있다. 중기청을 중기부로 격상하는 전제조건은 정부기능조정이어야 한다.