법인세율 인상 등은 빠졌지만 문재인 정부가 연구개발(R&D)과 투자에 대한 세액공제 등을 줄이기로 하면서 대기업의 세금 부담이 연간 1조원 이상 늘어날 것으로 전망됐다. 산업계는 세금확보에 치중하다가 장기적으로 미래의 곳간을 채울 R&D·설비 투자가 위축돼 고용도 감소하는 ‘소탐대실’ 상황이 나타날 것으로 우려했다.

국정기획자문위원회 관계자는 22일 “R&D·시설 투자 등에 대한 세액공제를 집중적으로 줄이는 방안을 세제개편안에 담을 방침”이라며 “연간 1조원 정도 세수확보가 가능할 것”이라고 말했다. 세액공제 축소가 가능한 항목은 △연구인력개발비 △연구인력개발 설비 투자 △고용창출 투자 △생산성향상시설 투자 △에너지절약시설 투자 △환경보전시설 투자 등이다. 국세청에 따르면 지난 2015년 기준 중소기업을 제외한 일반기업이 이들 항목으로 세액공제를 받은 액수는 2조6,500억원에 이른다.


이와 함께 대기업이 임금 증대, 투자 등에 쓰지 않고 쌓아놓는 이른바 ‘사내유보금’에 과세하는 ‘기업소득환류세제’는 더 강화한다. 예외항목을 줄이는 식이다. 국정기획위 관계자는 “지금은 환류세제 구조가 복잡하고 실효성이 떨어지는데 제도를 단순화하면서도 세 부담을 늘리는 방향으로 개선하는 방안을 검토하고 있다”고 말했다.

R&D 등 세액공제 축소가 현실화되자 기업들은 우려의 목소리를 내고 있다. 세액공제 축소가 R&D나 투자 감소로 이어질 수 있다는 이유에서다. 실제 R&D 세액공제가 추진됐던 2015년에 한국산업기술진흥협회가 실시한 설문조사를 보면 공제축소로 기업의 57.8%가 연구개발 투자를 줄일 것이라고 답하기도 했다. 이에 대해 국정기획위 관계자는 “자금 여력이 있는 대기업의 비과세 감면을 줄인다고 해서 R&D나 시설 투자에 부정적인 영향을 주지는 않을 것”이라고 말했다.

한편 국정기획위는 법인세의 법정세율(명목세율)이나 ‘최저한세율’을 이번 세제개편안에서 뺀다. 또 다른 부자증세인 부동산보유세 역시 참여정부 때의 ‘조세저항’을 의식해 제외하는 쪽을 가닥을 잡았다. /서민준기자 morandol@sedaily.com