정부가 해운업계의 요청을 받아들여 올해 일몰되는 해운기업 톤세 적용을 2024년까지로 5년 연장한다. 또 일본의 수출규제에 대응해 국내 신산업 육성 측면에서 연구개발(R&D) 투자에 대한 세제 지원을 확대한다. 시스템반도체와 바이오 임상시험비 R&D에 세액공제 혜택을 주고, 신성장기술 R&D 위탁연구개발비 인정범위에 해외 자회사까지 포함시키기로 했다. 하지만 쇼크 수준으로 위축된 기업 투자를 살리겠다면서 세율 확대 보다는 대다수 일몰 연장을 택해 ‘한방’은 보이지 않는 ‘찔끔 감세책’이라는 비판이 나온다.

17일 기획재정부에 따르면 정부는 이 같은 내용의 2019년 세법개정안을 당정협의를 거쳐 다음주 발표할 계획이다. 기재부 고위관계자는 “경기활력제고를 가장 중점으로 하면서 과세형평성 확립과 조세체계 합리화를 위한 방향으로 마련했다”고 밝혔다.

우선 정부는 조세특례제한법을 개정해 올해로 만료되는 해운 톤세의 적용기한을 5년 연장하기로 확정했다. 톤세제는 해운기업의 해운소득에 대해 영업이익 대신 소유 또는 용선한 선박의 순톤수와 운항일수를 기준으로 산출한 선박표준이익을 과세표준으로 해 법인세를 부과하는 방식이다. 세부담에 대한 예측가능성이 제고돼 경영이 안정화되고 중장기 사업추진이 용이해 대다수 국가들이 시행하고 있다.

이와 함께 중견중소기업의 공장 자동화 물품 관세 감면 일몰도 연장한다. 현재 중소 및 중견(3년 평균 매출액 3,000억원 미만) 제조업체가 공장자동화 기계 기구 설비 및 그 핵심부품을 불가피하게 수입할 때 중기 50%, 중견 30% 관세를 감면해준다. 석유 화학 제품 연구개발비 관세 감면도 추진한다.


핵심 부품소재 국산화 지원 측면에서 신산업 R&D에 대한 인센티브도 마련하고 있다. 대표적인 게 해외 위탁연구개발비 세제지원이다. 현재는 신성장기술 R&D 세액공제 대상 위탁·공동연구개발 기관의 범위가 국내 소재 기관으로 한정됐고, 해외연구기관 및 해외에 소재한 국내 모회사의 자회사 등은 제외된다. 이 때문에 신성장기술 확보를 위한 선진국과의 기술 협력에 한계가 있다는 불만이 업계에서 제기됐다.

기업 투자 활성화 차원에서 올해 말 일몰되는 생산성 향상시설·안전시설 투자세액공제 제도는 2021년까지 2년 연장하고 적용 대상에 의약품 제조 첨단시설, 위험물 시설 등을 추가해 범위를 넓혔다. 현행 5년인 세액공제 이월기간은 10년으로 연장된다. 지난 1995년부터 24년째 동일하게 유지돼 온 소액수선비 감가상각 특례 기준도 현행 300만원 미만에서 500만원 이상으로 올린다.

늘 그래왔던 관행처럼 비과세감면 폐지예정 항목들은 상당수 연장될 전망이다. 대표적으로 신용카드 소득공제 제도의 일몰 기한이 3년 연장된다. 세부 공제율 축소 같은 조정도 없다. 연말에 일몰이 도래하는 수소전기차 개별소비세 5% 전체 감면도 2022년 말까지 연장됐다.

업계에서는 그동안 축소돼왔던 R&D 투자세액공제, 설비투자 세액공제, 생산성 향상 세제지원 등을 확대해달라고 요청하고 있으나 정부는 세수 부족 우려로 인해 세율 자체를 높이는 방안은 주저하고 있다. 일반 R&D 비용 세액공제율은 대기업 기준 지난 2010년 3~6%에서 2018년에 0~2%로 축소됐다. 법인세 최고세율은 문재인 정부 들어 22%에서 25%로 높였다. 그나마 이번 세법개정안에서는 대기업·중견기업·중소기업에 각각 1·3·7% 적용하던 생산성향상시설 투자세액공제 공제율을 법 개정안 통과 시부터 1년간 2·5·10%로 높인 게 유일하다. 투자 심리를 살려 대규모 투자를 유도하기엔 턱없이 부족하다는 게 전문가들의 판단이다.

한편 가업상속공제를 받은 기업이 업종·자산·고용을 유지해야 하는 사후관리기간이 올해까지 10년으로 유지되며 내년부터 7년으로 단축된다. 하지만 이미 가업상속공제를 받은 기업은 해당사항이 없다. 정부가 ‘소급적용 불가’ 원칙을 굽히지 않고 있어서다. 다만 사후관리 기간 중 업종 변경 허용 범위 확대, 자산유지 의무 완화, 고용유지 의무 완화 등은 소급 적용을 해준다.
/세종=황정원·정순구기자 garden@sedaily.com