미국 마이크로소프트(MS)와 한국 국세청이 6300억 원 규모의 법인세 반환 여부를 다투는 소송에서 ‘특허권 사용료’에 저작권이나 노하우 등 무형자산에 대한 사용료가 포함되는지 여부를 놓고 다시 법원의 판단을 받게 됐다.

대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS와 MS라이센싱(MS의 100% 자회사)이 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부 처분 취소 소송 상고심에서 MS 승소로 판단한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

재판부는 “‘MS 측이 받은 특허권 사용료에 국내원천소득으로서 원천징수 대상인 저작권, 노하우, 영업상 비밀 등의 사용 대가가 포함돼 있다’는 피고(세무 당국)의 주장을 원심이 검토하지 않아 심리가 미진하다”고 밝혔다. 미국 법인의 국내 미등록 특허권 사용료에 대한 세금은 내지 않아도 되는 게 맞지만 MS의 소득으로 잡힌 사용료에 국내 미등록 저작권만이 아니라 기술 등이 포함돼 있을 수도 있는 만큼 이를 따져봤어야 한다는 취지다. 국세청이 구체적으로 얼마를 돌려줘야 할지는 파기환송심에서 결정될 전망이다.

삼성전자는 지난 2011년 MS와 계약을 맺고 안드로이드 기반 스마트 기기 사업에 필요한 특허권을 사용하기로 했다. 삼성전자는 한미조세협약에 따라 4년간의 사용 대가(4조 3582억 원)의 15%인 6537억 원가량을 MS 측의 법인세로 세무 당국에 납부(원천징수)했다. MS는 “6537억 원 중 6344억 원을 돌려달라”는 경정 청구를 했고 세무 당국이 거부하자 2017년 소송으로 맞섰다. 1심과 2심은 MS가 세액을 초과해 낸 법인세를 MS가 주장한 것보다 7억 원 적은 6337억 원으로 보되 이를 되돌려주는 게 맞다고 봤다.