유철환 국민권익위원장이 16일 서울 종로구 정부서울청사 공용브리핑실에서 국민권익위원회 2024년 업무보고 브리핑을 하기에 앞서 조선 태종이 백성의 억울함을 듣기 위해 설치한 신문고를 두드려보고 있다. 사진제공=국민권익위원회
서류 미비로 법인세를 감면받지 못했던 영농조합법인 2700곳이 약 170억원의 세금을 돌려받는다.
국민권익위원회는 21일 세법상 세금을 부과할 수 있는 기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물재배업 소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해주도록 국세청에 의견을 표명했고, 국세청이 이를 받아들였다고 밝혔다.
권익위에 따르면 A 영농조합은 2016년과 2017년 법인세를 신고하며 식량작물 재배업 소득에 대해 법인세 감면을 적용해 세무서에 신고했다. 하지만 세무서는 농어업 경영체 등록 확인서를 제출하지 않았다며 A법인에 대해 감면 세액을 추징했다. A 법인은 추징된 법인세를 납부했다. 반면 같은 처지에 있던 B 영농법인은 이에 불복해 행정 소송을 제기했고 지난해 3월 대법원에서 최종 승소했다. 대법원은 해당 서류 제출이 법인세 감면을 위한 필수 요건이 아니라는 취지로 판단했다.
국세청은 대법원 판결에 따라 B 영농법인에 추징한 법인세를 환급해줬으나, 세금을 부과할 수 있는 기간이 지나 소송 당사자 이외 법인은 환급이 불가능했다. A 영농법인은 이에 권익위에 고충 민원을 신청했고 실태 파악에 나선 권익위는 “대법원 판결 등을 고려해 세법상 부과제척기간이 지난 A법인을 포함한 2700여곳의 법인세 약 170억에 대해서도 환급하는 것이 타당하다”고 권고했다. 국세청은 권고를 받아들여 부과 제척기간이 지난 영농조합들에 조속히 법인세 일부를 돌려주기로 했다.