#1 직장인 A씨는 기존 보유 주택의 재개발사업으로 인해 대체 주택을 매입해 거주했다. A씨가 대체 주택을 매입한 시점은 기존 보유 주택의 재개발 사업시행인가 직전이었다. A씨는 재개발 완료 이후 새 주택으로 이사하기 위해 대체주택을 매도한 뒤 비과세 신고를 했다. 하지만 그는 세무서로부터 “양도소득세 비과세 특례에 해당하지 않는다”는 청천벽력같은 답변을 들었다. 그는 양도소득세로 1억 7300만 원을 처분받았다.

#2 자영업자 B씨는 지난 2021년 재건축조합원 입주권을 승계 취득했다. 이후 거주 목적에서 다른 주택을 취득했다. B씨는 2024년 2월 거주 목적의 주택을 매도한 뒤 세무서에 대체주택 특례 비과세 신고를 했으나 이를 인정받지 못했다. B씨가 내야 할 양도세는 9300만 원에 달했다.

국세청이 24일 재개발·재건축 사업과 관련 실수하기 쉬운 과세 조항에 대해 ‘양도소득세 실수톡톡 시리즈’를 공개했다. 정비사업 관련 양도소득세는 그동안 법령 변경도 잦고 세부 내용이 복잡해 혼동을 주는 경우가 많아 이에 대한 상세 사례를 통해 절세 혜택 방안을 내놓은 것이다.

국세청에 따르면 조합원 입주권과 분양권 등은 주택에 해당하지 않지만, 현행 양도소득세법에서 비과세 및 다주택 중과 여부를 판단할 경우 이를 주택 수 계산에 포함하고 있다. 조합원 입주권은 지난 2006년 이후 취득분, 분양권은 2021년 이후 취득분부터 적용한다.

재개발 기간 대체주택을 매입할 경우, 비과세를 적용받으려면 사업시행기간 중 취득해야 한다. 사업시행인가일 이전에 취득한 주택은 대체주택 비과세가 적용되지 않는다. 또 관리처분계획인가일 이후 조합원 입주권을 승계취득한 뒤 다른 주택을 매입하면 ‘일시적 2주택’, ‘1주택+1입주권’ 등 비과세 적용이 불가능하다.

국세청 관계자는 “주택을 어느 시점에 취득하고 양도하는지에 따라 비과세 적용이 달라지므로 반드시 주택 취득·양도 계획을 준비해야 한다”고 설명했다.

그 밖에도 신축주택에 거주하지 않아 ‘1주택+1조합원 입주권’ 특례가 적용되지 않는 사례가 있어 주의가 요구된다. 신축주택이 준공됐지만 이에 입주하지 않고 기존 보유했던 다른 주택을 팔게 되면 ‘1주택+1입주권’에 해당하지 않아 양도세를 내야 한다. 조합원 입주권이 아닌 주택을 취득해 일시적 ‘1주택+1입주권’이 될 경우에도 비과세 대상이 아니다. ‘일시적 1주택+1입주권’ 특례는 ‘조합원 입주권’을 승계 취득한 경우에 해당하기 때문이다. 신규 취득한 주택이 입주권으로 전환하는 경우는 특례 적용을 받을 수 없다.

국세청 누리집에 별도 코너를 신설해 관련 제공하고 있으며, 국세청 공식 블로그 등을 통해서도 각종 양도세 비적용 사례 등을 확인할 수 있다고 설명했다.