연봉 4000만 원의 직장인 A씨는 2022년 위암 수술을 하면서 의료비로 1200만 원을 지출했다. 2023년 2월 연말정산 때 162만 원의 의료비 세액공제을 받았다. A씨는 같은 해 9월엔 건강보험공단으로부터 의료비 환급금으로 500만원을 돌려 받아 가계 부담을 덜 수 있었다. 하지만 A씨는 올 9월 회사로부터 해당 의료비 환급금을 의료비에서 차감하지 않아 과다 공제를 받았다는 이유로 가산세 16만 원을 포함해 근로소득세 91만 원을 추가로 내야 한다는 안내를 받았다. A씨는 “연말정산이 끝나고 6개월이 지나서 돌려받은 사후 환급금이 문제될지 몰랐다”며 억울해 했다.

앞으로는 A씨처럼 뒤늦게 의료비를 환급받은 근로자가 가산세를 부담하는 불이익이 해소될 전망이다. 국세청이 근로자가 종합소득세 신고기간 이후에 수령하는 건보공단의 본인부담상한제 환급금(의료비 환급금)에 대해 과다공제자에게 적용되는 가산세를 면제하기로 했기 때문이다.

국세청은 의료비 과다공제 가산세와 관련해 감사원에 사전컨설팅을 신청해 이 같은 내용의 최종 의견을 받았다고 11일 밝혔다.

현행 세법상 의료비 환급금은 의료비 세액공제 대상이 아니다. 연말정산(3월)이나 종합소득세 신고(5월) 기간에 의료비에서 차감하고 신고해야 한다. 하지만 건보공단에서는 지출연도 다음해 8월말 이후 환급금이 결정되기 때문에 납세자는 신고기한까지 해당 금액을 알 수 없어 과다공제가 발생해왔다.

국세청은 신고기한 전에 의료비 환급금 자료를 달라고 건보공단과 협의했지만 일정상 시기를 앞당기기 어렵다는 답변을 받았다. 이에 국세청은 납세자에게 귀책을 물을 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 자체 판단했지만 법적 불확실성을 해소하기 위해 감사원에 ‘적극행정 컨설팅'을 신청했다.

국세청 관계자는 “의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우 정당한 사유로 가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이라는 최종 의견을 감사원으로부터 받았다”며 “앞으로도 국민의 불편에 귀 기울이고 적극행정으로 문제를 신속하게 해결할 것”이라고 말했다.