우선 현재 중3은 24년 만에 한국사를 필수로 치르게 돼 응시과목의 부담이 늘게 됐다. 여기에 당초 2017학년도로 예정됐던 성취평가제의 대입 반영이 2019학년도로 유예되면서 고등학교 선택에 있어서도 혼란을 겪게 됐다. 오종운 이투스청솔 평가이사는 "성취평가제의 대입 반영으로 특목고나 자사고 진학을 고려했던 많은 중3 학생들이 혼선을 빚게 될 것 같다"고 말했다. 이만기 유웨이중앙교육 평가이사도 "성취평가제의 연기로 지역단위 자사고의 인기가 떨어질 것으로 보인다"고 분석했다.
수시전형에서 합격하기 위해서는 논술을 중시해야 한다는 제안도 나왔다. 오 평가이사는 "수시전형에서 수능 최저학력기준이 완화되면 사실상 논술이 합격의 당락을 결정하게 될 것"이라며 "특히 교육부가 대학들의 적성검사전형 폐지를 권장하는 만큼 현재의 적성검사전형이 논술전형으로 개편될 것"이라고 설명했다.
현재보다 수능 공부에 집중해야 한다는 의견도 제기됐다. 김희동 진학사 입시전략연구소 소장은 "앞으로 수시를 통해 선발되는 인원이 줄어드는 반면 정시로 선발되는 인원은 늘어날 것으로 예상된다"며 "학생들도 학습계획을 짤 때 수능의 비중을 현재보다 높여야 할 것"이라고 말했다.
문ㆍ이과 통합안이 확정될 경우 현재 고1이 가장 큰 피해자가 될 것이라는 전망도 나왔다. 오 평가이사는 "현 고1이 재수를 하게 될 경우 자신의 계열에 관계없이 사회나 과학에 응시해야 한다는 문제를 겪을 것"이라고 지적했다. 김 소장도 "이런 학생들이 학교에서 배우지 않은 과목에 응시하려면 학원이나 과외로 몰릴 수밖에 없지 않겠느냐"고 말했다.
2015학년도와 2017학년도에 영어와 국어, 수학의 수준별 수능이 폐지됨에 따라 학생들의 혼란이 야기됐다는 분석도 제기됐다. 임성호 하늘교육 대표는 "보통 고2 학생들은 고3 학생들의 수능 결과에 맞춰 입시전략을 짜는데 수준별 영어의 폐지로 현 고2 학생들은 이것이 불가능해졌다"며 "아직 시험을 치르지도 않은 상태에서 정책이 뒤바뀌다 보니 교육정책에 대한 신뢰도가 떨어진 것은 물론 학생들과 학부모들에게 혼란만 가중시켰다"고 지적했다. 이어 "현재 고1 학생들 역시 내년에는 수능이 다시 바뀔지도 모른다는 우려를 하게 돼 수험전략을 짜기가 난감할 것 같다"고 말했다.