항의는 교통대책에 집중됐다. 한 남대문 시장 상인은 "고가공원을 만들어 시장을 활성화한다는데 대체도로도 없이 무슨 도움이 되겠느냐"고 했으며 허정행 마포구의회 의원도 "인근에 재개발 등으로 2만 여명이 입주할 예정인데 대체도로 없이 공원을 만든다면 교통지옥은 뻔한 일"이라고 지적했다. 주민들은 일방통행식 정책 추진에도 반발했다. 한 주민은 "주민들이 원하는 것은 교통 대책인데 왜 계속 교통 얘기는 뺀 채 공원의 장점만 말하려고 하느냐"며 "하고 싶은 얘기만 하는데 그게 소통인가"라고 지적했다. 또 다른 주민은 "사업을 하기로 방향을 정하고 토론회를 여는 게 말이 되느냐"고 비판했다.
애초 이번 토론회에선 이영성 서울대 환경대학원 교수가 고가 재활용의 편익을 설명할 예정이었다. 이 교수가 준비했던 자료에 따르면 서울역 고가공원은 공사비와 유지관리비, 교통비용 등 총 2,124억원이 들어가는 반면 편익은 이보다 높은 3,887억 원이 발생해 비용대비 편익(B/C)비율이 1.83에 이르는 것으로 나타났다. B/C 비율이 1을 넘기면 경제성이 있다는 의미로 통상 B/C가 1.2~1.3 정도만 돼도 경제성이 높은 정책으로 평가받는다. 이 교수는 과거 청계천 복원 사업의 경제성을 맡아 분석하기도 했다.
다만 시는 최근 서울역 인근 4개동 지역 주민 설명회가 모두 무산된 데 이어 토론회까지 교통대책을 요구하는 목소리에 막히면서 높은 경제성 평가에도 불구하고 사업 추진에 난항을 겪게 됐다. 이 교수도 "사회적 비용보다 편익이 크다고 하더라도 갈등을 원만하게 조정해야 한다"고 조언했다.