특수활동비는 공적인 정보수집이나 사건수사, 그밖에 이에 준하는 국정수행활동에 쓰이는 경비를 말하지만 대개 의원들의 판공비 수준으로 전락했다는 평가를 받고 있다. 국회 사무처 등에 따르면 특수활동비는 국회 의장과 부의장·상임위원장의 활동지원뿐 아니라 국회의원 개인과 국회의원의 해외출장 등에도 지급된다. 해마다 80억원 정도의 특수활동비가 지급되고 있지만 영수증을 제출하는 등의 정산 절차가 마련되지 않아 '검은돈'으로 쓰일 가능성이 높다. 이번에 홍 지사와 신 의원의 사건으로 문제가 된 상임위원장의 특수활동비는 위원회 규모에 따라 한 달에 600만~800만원 정도로 위원회 운영지원에 편성된 총 액수는 22억원 상당이다. 국회의원들의 빈번한 해외출장에 사용되는 의원외교 명목의 특수활동비 역시 6억원에 달하는 것으로 알려졌다.
아울러 국회법에 따르면 의원 개인 역시 회기 1일당 일정 금액의 특별활동비가 지급되고 있지만 회기가 열려도 의정활동을 하지 않고 지역구에 내려가는 의원들이 많아 의정활동에 쓰이지 않을 개연성이 높다는 것이 정치권의 관측이다. 박지원 새정연 의원은 지난 2012년 국회의원 수당 등에 관한 법률 일부개정법률안을 발의해 국회의원 개인에 대한 특수활동비를 폐기하자고 주장했지만 아직 운영위원회에 계류 중인 상태다.
논란이 커지자 국회 운영위원장을 맡고 있는 유승민 새누리당 원내대표는 "여당의 원내대표로서 국회의장을 찾아뵙고 이 문제를 국회 차원에서 어떻게 개선해나갈지, 또 운영위원장으로서 운영위 차원에서 어떤 제도 개선책을 마련할지를 진지하게 논의할 것"이라면서 "의장 차원에서 할 일과 운영위 차원에서 할 일을 논의해 적절한 시기에 말씀드릴 것"이라고 말했다.
새정연은 당 차원의 개선대책단을 출범시켜 국회 특수활동비와 관련한 조사를 벌이겠다고 밝혔다. 이종걸 원내대표는 최고위원회의에서 "이윤석 원내수석부대표를 반장으로 국회 특수활동비를 전체 점검하고 투명성을 제고하는 개선대책단을 발족하겠다"고 말했다. 이 원내대표는 또 지난해 자신이 발의한 국회의원 윤리실천특별법을 언급한 뒤 "특수활동비가 현재 법적으로 문제가 없다고 해도 국민감정을 감안하지 않고 있다"며 "국회 윤리 확립을 위해 제대로 된 정책을 신속히 마련하겠다"고 밝혔다.