감사원이 지난 2월부터 한 달간 해수부를 상대로 벌인 기관운영감사에 따르면 해수부는 사고가 발생한 지난 1월31일, 매뉴얼에 따라 중앙사고수습본부를 설치하고 ‘심각’ 경보를 발령해야 했지만 4일 후에야 이를 행동에 옮겼다. 해수부는 사고 초기 해양경찰청으로부터 피해확산에 대한 우려 및 해경 방제대책본부 운영에 대한 보고를 받았지만 늑장을 부린 것으로 확인됐다. 사고수습본부 설치 이후에도 사고로 유출된 원유와 나프타가 발암 물질이라는 정보를 제대로 파악하지 못해, 지역 주민에게 ‘심각’ 경보를 발령하지 않은 사실도 추가로 밝혀졌다. 이 때문에 방제작업에 참여한 일부 주민들이 구토와 두통을 호소했으며, 해수부는 사고 발생 7일이 돼서야 특수 마스크와 장갑을 지급했다.
해수부의 부실한 방제장비 투입 기준도 피해를 키웠다. 해수부는 사고 당일 자체 판단 기준 없이 여수 해경의 판단에만 의존, 최소 8척의 방제정이 투입돼야 할 곳에 3척만 투입했다. 해수부는 사고 발생 3일 후에야 11척의 방제정을 투입한 것으로 드러났다.
이외에도 우이산호가 사고 당일 예정보다 1시간이나 빨리 부두에 접근했지만, 해수부가 정보를 제대로 공유하지 않아 부두 안전관리자인 GS칼텍스 소속 해무사가 충돌사고를 막지 못한 사실이 적발됐다. 해수부는 해상교통관제센터(VTS) 정보를 해군, 해경 등 국가기관에만 공유하고 있어 부두 안전 관리자가 위험물 운반선의 실제 입항 시간을 알 수 없는 상황이라고 감사원은 밝혔다.