특정한 사업예산을 안정적으로 확보해야 할 필요가 있을 경우 세원별로 지출대상을 미리 지정하는 예외를 두고 있는데 이를 목적세(OBJECTIVE TAX, SPECIAL PURPOSE TAX)라고 한다. 교육부문 예산확보를 위한 교육세 등이 대표적인 목적세다.목적세는 사업 목적이 달성되면 본 예산에 흡수하는 게 통례이다. 이를 위해 목적세는 대개 종료시점을 못박아 한시적으로 운용된다. 예를 들어 국방예산을 확보하기 위해 시행됐던 방위세가 지난 91년 폐지됐다.
목적세는 조세체계를 복잡하게 하는데다 거둔 세금을 반드시 해당 분야에만 쓰도록 되어있어 재정의 효율성을 떨어뜨린다는 비판을 받고 있다.
정부는 최근 김종필(金鍾泌) 국무총리 주재로 관계장관회의를 열어 2000년부터 교육세, 농어촌특별세, 교통세 등 3대 목적세를 폐지키로 했다.
정부는 이를 위해 관련법을 올 정기국회에 상정할 계획이다. 개정안에 따르면 2000년부터는 교육세와 농특세는 본세에, 교통세는 특별소비세에 각각 통합된다. 올해 목적세는 총 13조4,000억원이 걷힐 전망이며 이는 전체 세수의 20%에 달한다.
