고발 대상은 새누리당의 김무성 의원과 정문헌ㆍ서상기 의원, 권영세 주중 대사와 남 원장 등 9명이다. 검찰은 유출 의혹 사건을 서울중앙지검 공안1부(최성남 부장검사)에 배당했다. 서울중앙지검 공안부(폐기는 공안1부)가 정치권과 국가적 관심을 받는 수사를 나란히 해온 것이다.
김 의원은 대선 당시인 지난해 12월 부산 서면 유세에서 "노 전 대통령이 남북 정상회담에서 대화록 관련 내용을 낭독하고 서해 북방한계선(NLL)을 포기했다"는 취지의 발언을 했다. 김 의원의 발언은 회의록 원문과 744자가 동일한 것으로 파악돼 논란이 일었다. 서 의원의 경우 올해 국정원 회의록을 공개할 당시 국회 정보위원장이었으며, 정보위 소속인 정 의원은 '노 전 대통령이 서해 NLL을 포기하겠다는 취지의 발언을 했다'고 주장했다.
검찰은 그동안 폐기 의혹 못지않게 유출 의혹에도 수사력을 쏟았다고 설명했지만 결과만 놓고 보면 큰 차이가 발견된다는 비판을 받고 있다. 검찰은 유출 의혹과 관련해 피고발인인 김 의원을 13일 소환해 조사했다. 이 과정에서 검찰이 김 의원에 대해 서면조사만 진행하려고 하다가 이 사실이 알려지자 뒤늦게 김 의원을 소환하는 일이 벌어지기도 했다. 일각에서는 이를 폐기 의혹과 관련해 참고인인 문재인 민주당 의원을 소환한 것과 대조하며 형평성 문제를 비판했다.
검찰은 조만간 서 의원과 정 의원을 소환해 관련 의혹을 조사할 방침이다. 또 남 원장이 피고발인 신분으로 조사를 받게 될지도 관심사다. 이와 관련해 김진태 검찰총장 후보자는 국회 인사청문회에서 "검찰총장이 되면 철저히 따져 필요한 사람은 반드시 조사하겠다"며 원론적인 입장을 밝힌 바 있다.