내륙 오염원이 증가해 바다 오염이 우려되거나 해양자원의 보존가치가 높은 곳으로 정부가 지정, 관리하는 해역이다. 특별관리해역으로 지정되면 정부는 해양오염 방지법에 따라 공유수면 매립 및 사용, 어업권 면허에 제한을 가할 수 있어 육상 및 해상의 각종 개발행위가 사실상 제한받게 된다.또한 공장입지는 최신 오염방지시설 설치를 전제로 허용되며 정부가 지자체에 대해 하수종말 처리장 설치 등 오염방지시설 설치를 요구할 수 있다.
