신용보증서를 담보로 은행이 대출할 때 신용보증기관뿐만 아니라 은행도 책임을 나눠지는 보증제도를 말한다. 일반적으로는 대출에 문제가 생기면 신용보증기관이 전액 책임지는 전액 보증제도가 적용되고 있다.현재 부분보증제도가 시행되는 분야는 크게 3가지. 기술신용보증기금과 16개 은행간 협약에 의해 3조3,000억원의 벤처육성자금을 공급하는 벤처 특별보증은 80~85%가 부분보증으로 취급된다. 또 신용보증기금과 기업은행, 국민은행 등 6개 은행간 협약에 의한 위탁보증도 70~80%의 부분보증제도를 적용한다. 신보기금과 기술신보기금이 중소기업진흥공단과 협약을 맺고 내보내는 중소기업구조개선자금의 85%는 부분보증제도를 적용하고 있다.
정부와 국제통화기금은 중소·벤처기업의 보증지원이 자칫 은행 등 금융기관의 도덕적 해이(모럴 해저드)를 불러 일으킬 수 있다고 판단, 2000년말부터 모든 신규보증을 부분보증으로 전환키로 합의했다.
