감사원은 1월26일부터 2월22일까지 한 달여 동안 실시한 '서울지방국세청 기관운영감사' 결과 이같이 드러났다고 7일 밝혔다.
감사 결과에 따르면 국세청 A팀장은 B법인의 세무조사 업무를 총괄하면서 손금산입을 부적정하게 처리했다. B법인은 강서구의 업무에 사용하지 않는 토지를 취득한 뒤 이를 분할신설법인에 양도했다. 이 과정에서 비업무용 토지는 손금산입을 유예할 수 없는데도 A팀장은 이를 5년간 유예해 2009 사업연도 법인세 계산시 가산세를 포함해 169억여원의 세금을 덜 걷었다. 손금산입이란 기업의 순자산이 감소하지 않았음에도 이를 손금으로 인정하는 항목을 말한다.
C법인의 경우도 2007ㆍ2009ㆍ2010 사업연도에 총 357억여원 상당의 주유상품권을 구입해 사용하면서 113억여원에 대해 손금불산입 세무조정을 하지 않았다. 하지만 서울지방국세청은 특별한 조사 없이 종결처리해 113억여원을 손금으로 인정, 추가 법인세를 걷지 못했다. 또 치과용 임플란트를 만드는 D사는 2007~2010 사업연도에 67억여원 상당의 해외여행 경비를 접대비 차원에서 지출하고도 이를 손금 처리했다. 그러나 서울국세청 산하 해당 세무서는 이를 방치해 23억여원의 법인세를 걷지 못했다.
이 밖에 비영리법인에 대한 솜방망이 세무조사 사실도 적발됐다. 서울지방국세청 산하 금천세무서는 모 대학교가 과세대상 소득을 법정기부금으로 손금처리한 후 이를 다시 학교발전기금으로 되돌려 받는 수법을 방치해 37억원의 세금을 걷지 못했다. 감사원은 걷지 못한 세금의 징수는 물론 해당 업무 당사자의 책임 경중에 따라 징계와 주의 등의 처분을 요구했다.