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연구용역 결과는 EITC 지원대상을 근로자가구부터 시행한 뒤 점차적으로 확대해나간다는 것이다. 하지만 EITC가 순조로운 항해를 지속하려면 풀어야 될 숙제가 적지않다. 우선 재원 문제다. 자영사업자가 적용되는 오는 2013년부터는 소요예산이 연간 1조원으로 추산되고 있다. 전면 확대시에는 연간 2조5,000억원이 된다. 정부 역시 자영사업자 확대 단계부터는 재원마련을 위한 별도의 대책이 필요하다고 설명하고 있다. 저출산ㆍ고령화 등 국가 전체적으로 돈 쓸 곳이 많은 상황에서 과연 재원마련이 순조롭게 이뤄질지 의문시되고 있다. 소득파악률 제고도 문제다. 근로자가구에서 개인사업자로 확대 시행하기 위해서는 26% 수준에 그치고 있는 개인사업자의 소득파악률을 높여야 한다. 이것이 제대로 이뤄지지 않으면 실제 대상이 되지 않는데도 급여가 지급되는 우를 범할 수 있다. 아울러 기초생활보장제도 수급자의 EITC 적용 여부도 앞으로 논란거리로 남을 것으로 보인다. 또 연구용역 결과에서는 EITC 지급대상에서 농어민을 아예 제외했다. 소득파악이 제대로 되지 않는다는 점 때문이다. 이 역시 논란거리 중 하나다.
