국정기획자문위의 부위원장은 홍 실장과 김 의장, 앞으로 임명될 청와대 정책실장이 맡는다. 정책실장 임명 전까지는 김수현 사회수석이 부위원장의 역할을 대신하게 된다.
국정자문위는 6개의 분과로 이뤄졌다. 큰 방향과 정책 기조를 결정하는 기획분과는 윤호중 의원이 위원장을 맡는다. 김경수·홍익표 민주당 의원, 이태수 꽃동네대학교 교수, 김호기 연세대 교수가 위원으로 활동한다.
예산과 거시 경제정책을 결정하는 경제1분과는 이한주 가천대 교수가 위원장을 맡고 박광온·윤후덕 의원과 정세은 충남대 교수, 홍종학 전 민주당 의원이 위원으로 들어갔다. 경제2분과는 이개호 의원이 위원장을 맡고 김정우 의원, 강현수 충남연구위원장, 조원희 국민대 교수, 호원경 서울대 교수가 합류했다.
복지정책 등을 총괄하는 사회분과는 김연명 중앙대 교수가 위원장을 맡고 유은혜·한정애 민주당 의원, 김은경 지속가능센터 지우 대표, 김좌관 부산가톨릭대 교수, 오태규 전 관훈클럽 총무, 최민희 전 민주당 의원이 위원으로 인선됐다.
사법개혁 등 과제를 떠안은 정치행정분과는 박범계 민주당 의원이 위원장을 맡는다. 송재호 제주대 교수, 윤태범 방송대 교수, 정해구 성공회대 교수가 위원으로 합류했다. 외교안보 분과는 캠프에서부터 활약한 김기정 연세대 교수가 위원장을 맡고 김병기 민주당 의원, 김용현 동국대 교수, 이수훈 경남대 교수가 위원으로 참여한다.
