원래 문재인 대통령은 산업통상자원부에서 통상기능을 떼어내 외교부로 이전하는 방안을 구상했다. 산자부 체제에선 상대적으로 통상정책분야가 소외돼 제 목소리를 못 내고 있다는 비판을 받아왔다. 그럼에도 당정청이 일단 이번 정부조직개편안에서 통상기능의 산자부 존속시키기로 한 데에는 현실적인 여건이 크게 작용한 것으로 보인다. 당장 현안으로 떠오른 한미정상회담에서 양국간 자유무역협정(FTA) 개정 여부가 최대 이슈로 떠오를 수 있는데 대사를 앞두고 해당 업무를 담당할 정부조직을 수술하기엔 시한이 촉박하다.
이후엔 한중 정상회담에서 문재인 대통령이 공약했던 한·미·일 FTA체결과 역내 포괄적 경제동반자 협정(RCEP), 한중 FTA 이행 강화 등을 추진해야 한다는 점도 당장 통상조직을 개편하는 데엔 부담거리가 될 수밖에 없는 상황이다. 이런 가운데 산자부 차원에서도 조직이 축소되는 것을 피하기 위해 총력전을 폈던 것이 어느 정도 영향을 미쳤을 것으로 정치권은 분석하고 있다.
대신 또 다른 공약인 중소벤처기업부 신설과 소방청, 해양경찰청 독립은 문 대통령의 의지대로 이번 정부조직개편안에 담길 전망이다. 국민의 안전을 지키는 정부 조직의 전문성을 높이고, 해양주권을 수호하겠다는 차원이다. 국민 안전 및 해양주권 강화는 문재인 정부의 일자리 확충 및 산업활성화 정책과도 맥락이 닿아있기 때문에 공약대로 추진이 불가피하다. 문 대통령은 재난방지분야 등 공공부문에 재정을 투입해 양질의 고용을 창출하고 해양주권을 수호할 수 있도록 관련 인프라를 확충해 조선 등 위기의 산업에 숨통을 틔우겠다는 구상을 하고 있다.
이밖에도 당장 나라살림을 안정시켜야 하는 기획재정부와 4차 산업혁명을 추진해야 하는 미래창조과학부도 당장은 큰 틀의 조직개편 없이 현행 체제로 유지될 가능성이 높다. 다만 미래부의 경우 기초과학 분야 등에 대한 정책 컨트롤타워 기능을 활성화하는 쪽으로 부분적인 손질방안이 논의될 여지는 있다.
이번에 당정청이 논의하는 정부조직개편안은 1단계 개편이다. 국정상황이 어느 정도 정상화되고 나면 내년도 지방선거 및 개헌 추진시점과 맞물려 대폭적인 2단계 정부조직 개편이 이뤄질 수 있다. 이 경우 지방분권의 핵심이 될 행정안전부의 기능과 조직이 강화될 수 있다고 정치권은 내다보고 있다. 또한 권력구조개편과 관련해 사정기관 등의 기능이 일부 수술될 가능성도 있다.
또 금융위원회와 금융감독위원회 체제의 손질 가능성, 감사원의 독립성 강화 문제도 여권 내에서 꾸준히 거론되고 있다.
