29일 대검과 중앙지검에 따르면 하명수사·선거개입 의혹과 관련해 윤 총장은 수사팀과 논의한 뒤 “사건의 본질은 사실상 청와대 하명수사·선거개입”이라는 결론을 내렸다. 이에 윤 총장은 서울중앙지검 공공수사2부(김태은 부장검사)에 지시해 송 시장과 송병기 전 울산시 경제부시장, 황운하 전 울산지방경찰청장, 백원우 전 청와대 민정비서관 등 핵심관계자 13명 전원을 공직선거법 위반 등의 혐의로 재판에 넘겼다. 검사장 출신의 한 변호사는 “송철호 현 울산시장은 문재인 대통령의 최측근으로 호형호제하는 인물”이라며 “윤 총장이 계속되는 외압에도 굴하지 않고 승부사 기질을 발휘하며 정면돌파를 선택한 것 같다”고 말했다.
기소에 앞서 윤 총장은 내부 의사결정 과정에서의 잡음을 최소화하기 위해 이날 오전 구본선 대검찰청 차장과 배용원 대검 공공수사부장, 이성윤 서울중앙지검장, 신봉수 서울중앙지검 3차장 등 참모·수사팀과 회의를 열어 송 시장 등을 기소하기로 결정했다. 회의에서는 이 지검장을 제외한 간부 전원이 확보된 증거가 많다며 기소 의견을 냈다. 또 다른 핵심관련자로 꼽히는 이광철 비서관도 이날 청와대 하명수사, 울산시장 선거개입 의혹과 관련해 피의자 신분으로 검찰에 출석했다. 임종석 전 대통령 비서실장도 30일 피의자 신분으로 조사를 받을 예정이다.
동부지검도 이날 유재수 전 부산시 경제부시장 감찰무마 의혹과 관련해 백원우 전 비서관과 박형철 전 청와대 반부패비서관을 조국 전 법무부 장관의 공범으로 보고 재판에 넘겼다.
이에 따라 조국 가족펀드, 울산선거 개입, 유재수 감찰무마 등 현 현 정부의 아킬레스건인 3대 의혹과 관련해 청와대와 여권의 외압에도 윤 총장은 모두 핵심인물에 대한 기소를 마치게 됐다. 청와대에 근무했던 한 부장검사 출신 변호사는 “총선을 앞두고 현 정권의 3대 의혹에 대해 윤 총장이 기소를 강행함으로써 사실상 검찰의 칼끝이 대통령 턱밑까지 겨눈 모양새”라고 말했다.