개혁위는 우선 검찰청법 8조 등을 개정해 검찰총장의 구체적 사건에 대한 수사지휘권을 폐지하고 각 지역 고검장 등에게 분산하도록 했다. 권고안이 법제화된다면 수사지휘의 주체는 검찰총장이 아닌 고검장이 되는 것이다. 수사지휘를 할 때는 수사검사의 의견을 서면으로 받도록 했다. 법무부 장관이 구체적 사건에 대해 수사지휘를 할 때도 마찬가지로 고검장에게 서면으로 하도록 권고하고 고검장에게 의견을 받도록 했다. 다만 법무부 장관이 구체적 사건을 수사지휘할 때는 불기소 지휘를 원칙적으로 금지했다.
인사권에서도 검찰청법 34조를 개정해 법무부 장관이 검사 인사를 할 때 검찰인사위의 의견을 듣도록 권고했다. 검찰총장은 검찰인사위에 검사의 보직에 대한 의견을 서면으로만 제출하도록 했다. 법무부 장관과 검찰총장이 대등한 위치에서 인사 관련 의견을 나누던 데서 인사위를 거치도록 한 셈이다. 아울러 검찰총장을 현직 검사 중에서만 임명하던 관행을 개선하는 차원에서 판사·변호사·여성 등 다양한 출신의 명망가 중에서도 임명할 것을 권고했다.