감사원은 1일 기획재정부와 국세청, 관세청을 대상으로 지난 2월부터 한 달간 정부의 조세감면제도 운용실태를 감사한 결과를 공개했다. 감사원에 따르면 지주회사인 A사는 지난 2009년 3월 제주도로 이전한 후 2011년까지 2년간 법인세 1,888억원을 감면받았지만 당시 9명의 직원만 제주도에서 근무하고, 나머지 760명의 직원은 계열사인 B사에 소속돼 수도권에서 계속 근무한 것으로 나타났다. 감사원은 또 베트남과 중국 현지법인을 통해 모든 사업을 진행하는 C 수출업체가 지난 2010년 충남 천안으로 본사를 이전한 뒤 법인세 44억원을 감면받았다고 밝혔다.
8년 이상 경작한 자경농지를 팔 때 양도소득세를 감면해주는 제도가 애초의 취지와 달리 고소득 부농에까지 남발된 사실도 이번 감사 결과 밝혀졌다. 감사원이 2011년분 양도소득세 면제자 중 5,000만원 이상의 세금을 감면받은 7,286명을 분석한 결과 감면액 1억원 이상인 사람이 전체의 98%인 7,139명으로 집계됐다. 감면액 5억원 이상인 사람도 1,647명에 달했으며, 농업 외 소득이 10억원이 넘는 양도자가 52명에 이르기도 했다.
감사원은 이같은 세금감면 제도 부실 운용 사례 17건을 적발해 기획재정부장관 등에게 제도 보완책을 마련하거나 제도 운영과정에서 주의할 것을 요구했다.
