발행인 진관 스님은 창간사를 통해 『「불교저널」은 모든 불자의 언로를 모아부처님의 가르침을 바탕으로 우리의 상황을 변화시키는 향도가 될 것"이라며 "편견을 거부하고 미래에 대한 예지를 일깨워주는 일에 힘쓰겠다』고 밝혔다.1999년 8월호는 창간특집으로 인간복제의 문제를 심층적으로 다루고 있다. `미래의 과학은 불교의 동반자인가 적인가'란 제목 아래 권기종 동국대 교수, 윤호진스님, 이용훈 수원가톨릭대 총장, 이정배 감신대 교수, 김원신 원광대 생명과학부교수 등 각 종교계 인사와 자연과학자의 논평을 실었다.
「미래사회와 불교」를 주제로 벌인 리영희 전 한양대 교수와 정병조 동국대 교수의 대담도 눈길을 끌며 김광식 대각사상연구원 연구부장의 8·15 기념논단 「불교계의 광복운동」과 해외통신 「프랑스에 부는 불교바람」도 관심을 불러일으킨다.
이밖에 윤청광씨의 시사칼럼과 파룬궁 열풍 진단 등의 기사와 현대불교시, 단편소설, 만화 등을 수록하고 있다.
