일본은 지난 1955년 미일 원자력협정을 맺은 뒤 1977년 도카이 공장을 가동하며 재처리를 시작했고 사안별로 미국의 동의를 받다가 1988년 원자력협정 개정에서 '포괄적 사전 동의제'를 도입해 제약을 완전히 풀었다. 반면 한미 협정 개정안은 농축 및 재처리 연구의 길은 열어놓았지만 고위급협의체를 통한 합의를 전제로 해 실효성이 떨어진다는 지적이 일고 있다.
이 때문에 일본은 미국으로부터 핵주권을 완전히 보장 받았는데 같은 동맹국인 한국은 왜 일본 수준에 못 미치는 내용의 협정을 체결해야 하느냐는 비판이 나올 수 있다.
앞서 미국 워싱턴 핵비확산정책교육센터(NPEC)의 헨리 소콜스키 대표는 "미국은 한국에 대해 농축과 재처리를 하지 말라고 하면서 일본에 대해서는 그것을 권고하고 있다"면서 "이것은 한국에 대한 모욕이자 난폭한 행위"라며 양국에 대한 차별대우를 비판한 바 있다.
그러나 일본 등이 미국과 협정을 맺을 당시 이미 상당한 수준의 원자력 능력을 갖추고 있었다는 점에서 우리나라와 단순 비교하기는 어렵다는 지적도 있다. 역사적 배경도 다르고 국제사회가 지향하는 가치도 변화했기 때문에 한 가지 잣대로만 접근하는 것이 아닌 경제성과 효율성 측면에서 고려해야 한다는 것이다.
이와 관련해 외교부 관계자는 "일본 등 다른 나라의 경우 관련 시설을 이미 보유하고 있었거나 과거 비확산 규범이 느슨하고 핵무기를 개발하려는 일부 국가들의 도전이 없었을 때 미국과 협정을 체결한 시대적 배경이 있다"면서 "지금은 훨씬 투명하고 국제협력을 강조하는 시기이며 국제적인 비확산 규범이나 국내 산업적 필요성을 고려해야 할 필요가 있었다"고 설명했다.
로버트 아인혼 전 미국 국무부 비확산·군축 담당 특보도 "한국은 다른 국가와 요건이 다르다"면서 "일본은 수십조원을 들여 상업적 재처리 시설을 구축했지만 아직 제대로 가동도 못하면서 운영 비용만 쏟아붓고 있다"고 말했다. 또 "일본이 미국과 협정을 맺을 때는 핵확산 위협이 지금처럼 크지 않았지만 현재는 농축과 재처리 기술이 확산되는 것이 민감한 문제로 부각했다"면서 한일 간 형평성 문제를 여러 차례 일축한 바 있다.