새누리당 측은 정보기관의 예산 항목이 공개되고 이에 대한 정보위 보고가 의무화될 경우 국정원의 정보 수집기능이 현저히 떨어질 수밖에 없다고 주장했다.
반면 민주당 측에서는 국정원 예산 통제에 대한 구체적 장치를 마련해 권력 오·남용을 방지할 필요가 있다고 맞불을 놓았다.
여당 추천 전문가인 이재교 세종대 교수는 "회계감사를 실시하고 비밀활동을 없애는 등 국정원 예산을 다 공개하면 이게 무슨 정보기관이겠냐"며 "정보기관의 총액 자체가 기밀이라는 것은 세계에서 다 통하는 상식"이라고 강조했다. 이 교수는 이어 "정보위에서 (비공개로) 국정원 예산을 항목별로 심사하되 예산결산특별위원회에 넘길 때 총액만 공개하는 현 체제를 그대로 유지해야 할 것"이라고 주장했다.
이에 대해 야당 추천 전문가인 한상희 건국대 법학전문대학원 교수는 "현재 중요한 대목은 국정원의 방해로 선거 과정에서 왜곡이 일어났고 이것이 민주주의의 근간을 흔들었다는 데 있다"며 "국정원의 권력이 얼마나 크고 외부적 통제가 얼마나 부실하길래 이런 문제가 발생했는가를 반성하고 이에 대한 조치를 취할 필요가 있다"고 지적했다. 그는 또 "정보위 산하에 감독위원회 등을 매개로 국회가 국정원 예산을 심의할 수 있도록 해야 한다"고 말했다.
한편 국방부 조사본부는 사이버심리전 요원 중 20여명에 대해 '불구속 기소' 의견을 제시하고 국군사이버사령부 정치 개입 의혹 사건을 군 검찰에 송치할 것으로 알려졌다.
또한 요원을 지휘한 이모 사이버심리전단장에 대해서도 기소 의견이 제시될 것으로 보인다. 조사본부는 사이버사 심리전단 요원 전원과 지휘계통을 모두 수사한 결과 이 같은 결론을 내린 것으로 전해졌다.