재판부는 원심이 증거능력에 대한 법리를 오해하고 사실관계를 잘못 판단한 오류가 있다고 밝혔다. 재판부는 “원심의 사실관계는 검찰이 제출한 핵심 증거인 이메일 첨부파일의 증거능력이 부인되면서 유지될 수 없다”고 지적했다.
이어 “종국적으로 판단할 사건은 정치관여나 선거운동에 해당하는지에 대한 실체 문제인데, 전체적으로 사실이 확정되지 않은 상황에서 대법원은 법률심이기 때문에 사실 심리를 할 수는 없다”며 “적법 증거에 의해 국정원 심리전단의 사이버 활동 범위를 다시 확정하라고 파기환송한다”고 밝혔다. 대법원은 사건을 파기환송하면서 원 전 원장의 선거법 위반 혐의에 대해 유무죄를 판단하지 않았다.
앞서 서울고법은 공직선거법 위반 혐의까지 모두 유죄로 판단해 징역 3년에 자격정지 3년을 선고하고 원 전 원장을 법정 구속했다. 반면, 1심을 맡은 서울중앙지법은 국정원법 위반을 유죄로, 선거법 위반은 무죄로 판단해 징역 2년6개월에 집행유예 4년, 자격정지 3년을 선고했다. 원 전 원장은 취임 이후 국정원 사이버 심리전단을 통해 정치활동에 관여하고 국정원장 직위를 이용해 2012년 대선 등 선거에 개입한 혐의로 2013년 6월 불구속 기소됐다.