말도 많고 탈도 많았던 세종시. 2002년 대선에서 노무현 대통령 후보가 '충청권 신행정수도 건설'을 공약으로 발표하며 출발점이 됐다. 이 공약 발표 이후 정치권 뿐만 아니라 전국민 사이에서 찬반 논란이 거세게 일었다.
노무현 후보가 당선되면서 공약이행을 밀어 부쳐 2003년 7월 신행정수도특별법안을 입법예고했고 그 해 12월 국회는 이 특별법안을 통과시켰다.
행정수도이전사업은 속도를 냈고 2004년 6월 예정지 4곳을 발표하게 된다. 후보지 평가결과 연기·공주지구가 행정수도 이전 최우선 대상지로 결정됐다.
그러나 이를 반대하는 목소리도 컸고 2004년 7월 '수도 이전은 위헌'이라며 헌법소원이 제기됐다.
헌법재판소는 2004년 10월21일 신행정수도건설특별법이 위헌이라 판결했다. 서울이 수도라는 것이 헌법에 명시되지는 않았지만 오랜 세월 인정된 관습헌법인 만큼 수도를 옮기기 위해서는 국민적 동의를 받아야 하는데 이를 이행하지 않았기 때문에 국민의 참정권적 기본권을 훼손한 위헌이라 결정했다.
노무현 정부는 위헌판결에 따라 행정수도건설사업을 행정중심도시건설사업으로 변경, 2005년 5월 행정중심복합도시건설을 위한 특별법을 제정, 공포했다. 이어 2006년 12월 행정중심복합도시 명칭을 세종시로 확정했다.
이후 2010년 세종시 수정논란이 다시 고개를 들어 세종시 건설사업이 다시 한번 위기를 맞았다. 행정기능이 서울과 지방에 분산됨으로 인해 비효율적이라는 지적과 함께 세종시를 기업도시로 건설해야 한다는 목소리가 제기됐다.
이 논란은 지역의 강력한 반발과 함께 여야는 물론 정부와 여당 내에서도 논란의 불씨가 됐고 2010년6월 국회에서 세종시 수정안이 부결되며 세종시 논란이 종지부를 찍게 됐다. 이후 2010년 12월 세종시 설치 등에 관한 특별법이 국회를 통과, 공포됐다.