청와대는 일단 사건의 진위부터 파악해 보자며 논평을 자제하고 있다. 청와대는 이날 김우식 비서실장 주재로 열린 현안점검회의에서 X파일 파문에 대해 논의는 있었으나 홍석현 주미대사의 거취문제에 대해서는 논의하지 않은 것으로 전해졌다.
그러나 X파일에 중앙일보 회장이던 홍석현 주미대사가 등장하고 홍 대사의 임면권자가 노무현 대통령인 만큼 이번 파문에서 자유로울 수 없다는 주장에 곤혹스러운 기색이 역력하다.
만일 임명 당시 관련 사실을 알았다면 부도덕성 시비에 휩싸이고, 몰랐다면 인사검증의 실패라는 도마에 또다시 오를 수 있기 때문이다. 김만수 청와대 대변인은 “임명과정에서 (X파일과 관련한) 정보가 없었고 몰랐다”고 말했다.