북한 개입 사실이 처음 공개된 지난 10일 국방부 및 군 당국이 정부 입장을 설명한 데 이어 이날 청와대가 직접 정부를 대표해 입장을 발표한 것은 이번 사건의 심각성을 반영한 조치로 해석된다.
청와대는 이번 사건의 대응책을 논의하기 위해 지난 8일 국가안전보장회의(NSC) 상임위원회를 개최한 사실도 공개했다. 민경욱 청와대 대변인은 "이 회의에서 국방부로부터 사건 조사 결과를 보고 받고 종합적인 대책을 강구했다"고 설명했다. 이번 사건이 북한 소행이라는 사실을 국방부가 아닌 국가정보원이 보고했고 회의에서 이렇다 할 대응책을 찾지 못했다는 한 언론의 보도에 대해서는 "사실과 다르다"고 반박했다.
박근혜 대통령은 10일 청와대에서 열린 수석비서관회의에서 북한의 표준시 변경에 대해 "북한이 우리의 대화와 협력 제안에는 아무런 반응도 하지 않으면서 시간대마저 분리시키는 것은 남북협력과 평화통일 노력에 역행하는 것이자 국제사회의 의견을 무시하는 처사"라고 비판했다. 이러한 정부의 분위기는 광복70주년에도 불구하고 당분간 남북관계 개선 가능성이 낮다는 판단에 따른 것으로 보인다.
한편 이번 사건이 4일에 발생한 점을 감안하면 정부가 이희호 여사 방북 당일인 5일에 통일부 장관 명의로 북한에 고위급 회담을 제안하는 서한을 발송한 것은 앞뒤가 맞지 않는 조치라는 지적도 나온다. 이에 대해 통일부의 한 당국자는 "7일까지 사건에 대한 조사가 진행 중이라 북한의 소행 여부가 확인되지 않은 상태였다"며 "서한 발송과 이 여사의 방북은 정부 부처 간 사전에 공유된 내용을 실행한 것"이라고 해명했다.
