정부는 27일 오후 김의도 통일부 대변인 명의 논평을 내고 “북한이 우리 국민을 조속히 석방해 송환할 것을 강력히 촉구한다”며 “송환되기까지 김정욱 씨의 신변 안전 및 편의를 보장하고 가족과 우리 측 변호인이 접견할 수 있도록 적극 협조해 줄 것을 촉구한다”고 밝혔다. 이어 “여러 차례 신원 확인 및 석방·송환을 요구했음에도 무반응으로 일관하다가 오늘에서야 신원을 공개한 것은 인도주의에 정면으로 반하는 처사”라며 “순수한 종교 활동을 하는 우리 국민을 반국가적 범죄자라고 하는 것은 이해하기 어려운 부분”이라고 지적했다.
정부는 “오늘 기자회견에서 언급된 북한 조사 내용은 향후 김정욱 씨가 우리 측으로 송환된 후에 확인해 봐야 할 사항”이라며 “북한이 우리 정부의 정당한 요구에 대해 책임 있는 태도를 보임으로써 남북관계 발전의 길로 나오기를 기대한다”고 강조했다.
한편 AP 통신 등에 따르면 개신교 침례교 선교사인 김 씨는 이날 평양에서 기자회견을 열고 “북한에 들어간 다음 날인 작년 10월 8일 체포됐으며 반국가범죄 혐의에 대해 사죄한다”고 밝혀, 향후 김씨의 석방 여부가 남북관계의 주요 변수가 될 전망이다.