검찰에 따르면 서울남부지검 형사6부(김종오 부장검사)는 20일 오전 10시께 정부세종청사에 수사관 10명가량을 파견했다. 검찰은 역사교과서 국정화 진상조사 실무추진단과 역사수업 관련 업무를 맡은 동북아교육대책팀, 초·중등교육 업무를 하는 학교정책실 등을 찾아 컴퓨터 하드디스크 일부와 업무일지 등을 비롯한 서류, 직원 휴대전화 등을 확보했다. 수사관들은 오후 7시께까지 현장에서 압수수색을 한 것으로 알려졌다.
검찰은 서울 여의도 인쇄업체 A사 본사 사무실도 압수수색해 장부와 인쇄 의뢰 내역이 담긴 자료 등을 확보했다. 교육부의 역사교과서 의견수렴 마지막 날인 지난 2015년 11월12일 이 인쇄소에서 제작된 의견서가 무더기로 제출되면서 이른바 ‘차떼기 제출’ 논란이 일었다. 교육부의 역사교과서 국정화 진상조사위원회 조사 결과, 교육부 문서 보관실에 보관 중인 찬반 의견서 103박스 가운데 53박스가 일괄 출력물 형태인 것으로 드러났다. 성명란에 ‘이완용’과 ‘박정희’ 등 황당한 내용이 담긴 의견서도 다수 발견됐다.
검찰은 무더기 제출을 주도한 것으로 알려진 양모 성균관대 교수를 조만간 소환해 조사할 계획인 것으로 전해졌다. 교육부는 지난 12일 양 교수와 찬성의견서 심야 계수를 지시한 당시 교육부 학교정책실장 김모(퇴직)씨 등을 검찰에 수사 의뢰했다.