대법원 1부(주심 박정화 대법관)는 30일 한국철도공사가 세무당국을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송 상고심에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법에 돌려보냈다고 밝혔다.
재판부는 “공익서비스보상액은 공익서비스 수행자인 철도공사가 국토해양부장관과 체결한 계약에 따라 국가로부터 지급받은 것”이라며 “용역 공급에 대한 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당된다”고 판단했다.
이어 “철도공사에 대한 공익서비스보상액은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당되므로 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 본 원심의 판단은 받아들일 수 없다”고 지적했다.
지난 2008년 철도공사는 벽지에 철도노선을 운영하고, 노인과 장애인 등에게 철도 운임을 깎아주거나 대통령과 국무총리 등이 이용하는 특별기차를 운영하는 등 공익서비스 사업을 수행했다. 철도공사는 공익서비스의 대가로 국토해양부로부터 2,661억6,800만원을 지급 받았고, 철도공사는 이 금액을 비과세 대상인 국고보조금으로 보고 이 금액을 제외한 뒤 부가가치세를 신고했다. 하지만 영등포세무소 등 15개 세무서는 공익서비스 보상액이 철도공사 사업에 대한 대가로 보고 부가가치세 57억1,300만원을 추가로 부과고 철도공사측은 과세가 부당하다며 소송을 냈다.
1,2심은 “정부 보상액도 철도공사 사업의 수입금으로 봐야 한다”며 세무서의 손을 들어줬다.
