천주교는 기존에 해오던 대로 중앙에서 일괄 신고, 납부하기 때문에 변화가 없다. 불교 조계종 역시 중앙 교단에서 일괄 신고, 납부하고 있다. 문제는 기독교다. 교회별로 신고하고 납부해야 하기 때문이다. 교회재정건강성운동의 현창환 목사는 “전체 신고대상자 중 절반 정도만 신고한 것 같다”고 말한다. 현 목사는 약 600여개 교회의 종교인소득 신고와 납부를 도왔다. 그는 “한때 종교인과세제도가 2년간 시범실시되기 때문에 이번에 안 해도 된다는 소문이 돌면서 전체 신고율이 낮아진 것 같다”고 분석했다. 정부는 2017년 말 종교인과세 2018년도 본격 실시를 앞두고 보수 기독교계를 중심으로 반대가 거세자 소득신고절차 중 한 단계인 ‘지급명세서’ 제출 불성실 가산세(지급금액의 1%)를 2년간 안 받겠다고 발표했다. 이것이 종교인과세 2년 유예설로 확대, 재생산된 것이다.
송산기쁨의동산교회 장수덕 목사는 “소득신고를 하려 해도 어디에 물어볼지, 어디서 어떻게 해야 할지 등 알아볼 만한 곳이 마땅치 않았다”며 “노회에 물어봐도 원론적인 얘기만 해 참 어려웠다”고 말했다. 현 목사는 “세무서에 물어봐도 잘 모르는 경우가 많았다”며 “어느 세무서는 다 원천징수 신고하라고 하고 다른 세무서는 5월 종합소득 신고 때 하라고 하는 등 제각각이었다”고 말했다.
현장 상황과는 괴리되는 부분도 있다. 현재 비과세소득에는 ‘사택 관련 이익’이 있다. 예를 들어 교회가 목사에게 아파트를 무상으로 제공하거나 임차료를 지원할 경우 그 금액은 비과세다. 단 전제는 아파트가 교회 소유이거나 교회이름으로 전세나 월세 계약을 맺어야 한다. 그러나 현 목사는 “교회이름으로 계약을 맺으면 대출 계약이 안 된다”며 “대출을 위해 어쩔 수 없이 개인 이름으로 부동산 계약을 맺을 수밖에 없는 상황”이라고 말한다. 목사가 개인 이름으로 임대하고 교회가 임대료를 지원하는 경우 해당 금액은 과세대상 소득이다.