노동이사제의 가장 큰 문제는 주주가 아닌 노조에서 추천한 이사가 경영권을 과도하게 침해할 수 있다는 점이다. 특히 박주민 민주당 의원이 발의한 법안은 노동이사를 상임으로 두도록 해 더 큰 문제를 낳을 수 있다. 노동이사제를 도입한 대표 국가인 독일에서조차 노동이사는 상임으로 직접 경영에 참여하지 않는 대신 필요할 때 경영진의 결정사항이 법규에 저촉되는지 여부만 검토한다. 다른 나라에 비해 노사 갈등이 극심한 우리나라에 노동이사제가 도입되면 노사협상 사안을 이사회로 끌어들이거나 경영진의 의사결정을 지연시키는 부작용만 두드러질 수 있다. 협력적 노사 문화가 뿌리내린 독일에서도 경영의 효율성 저하 등 부작용이 나타나는 바람에 도입하는 기업이 계속 줄어들고 있다.
방만 경영으로 공공기관의 경영개선과 구조조정 등이 시급한 지금은 노동이사제를 밀어붙일 때가 아니다. 그보다는 노동시장 유연성의 숨통을 터 기업 경쟁력을 높이는 노동개혁에 나서야 한다. 한국경제연구원 분석에 따르면 독일의 노동유연성 순위는 노동개혁이 추진된 2003~2019년 세계 80위에서 38위로 오른 반면 같은 기간 한국의 순위는 63위에서 144위로 급락했다. 독일은 노동유연성을 높이는 하르츠 개혁에 성공한 결과 청년 실업률이 감소하고 정규직과 비정규직 간 차별도 줄어들었다.