기회발전특구선 가업상속 전액 공제…임시직도 임금 늘리면 稅 감면 혜택

정부가 업종 구분 없이 3000억 원으로 돼 있던 조세특례제한법상 중견기업 기준을 해당 분야 중소기업의 3배로 바꾼다. 기업들의 고용 확대를 유도하기 위해 청년과 60세 이상 등 추가 고용 인원에 대한 세액공제 금액을 높이고 기간제와 단시간 근로자도 신규 지원하기로 했다.

기획재정부는 25일 이 같은 내용이 담긴 ‘2024년 세법개정안’을 내놓았다.

우선 정부는 현행 3000억 원인 세법상 중견기업 매출 기준을 최소 1200억 원에서 최대 4500억 원으로 차등화한다. 업종별로 중소기업 매출 기준의 3배로 바꾸면서 중견기업 조건이 △의류 제조, 1차금속 4500억 원 △식료품·건설·도소매 3000억 원 △운수 창고, 정보통신 2400억 원 △숙박 음식, 교육 서비스 1200억 원 등으로 달라진다. 기재부는 5000억 원으로 일괄 적용되고 있는 중견기업 연구개발(R&D) 비용 세액공제 기준도 중소기업 매출액의 5배로 조절할 방침이다.

정부는 통합고용세제 지급 기준과 공제액도 대폭 손질한다. 현행 통합고용세제는 상시 근로자 수가 늘어난 만큼 법인세를 깎아주는 방식이다. 기업 규모에 따라 근로자 1인당 최소 400만 원에서 최대 1550만 원까지 세액을 공제해준다.



문제는 기존 제도가 육아기 단축근무나 대체근로자 등 다양한 근로 형태를 반영하지 못했다는 점이다. 이 때문에 정부는 임시직 같은 탄력 고용 인원도 지원해주기로 했다. 정규직과 경력단절여성 등 1년 이상 일한 근로자 1인당 공제액은 지방의 경우 1550만 원에서 2400만 원까지 높아지고 임시직은 임금 증가율의 20%를 세금에서 빼준다.

올해 말 일몰되는 국가전략기술에 대한 R&D·설비투자 세액공제는 3년 더 연장한다. 다만 여야 모두 반도체 등 전략산업에 대한 세제 혜택을 10년 더 연장하는 법안을 발의해둔 상황이어서 정부가 미래 먹거리 육성을 위한 세제 지원에 소극적인 것 아니냐는 지적이 나왔다.

정부는 해운사 법인세(톤세제) 특례 적용 기한도 5년 더 연장하기로 했다. 해운사는 업종 특수성을 인정해 개별 선박의 순톤수에 톤당 1운항일 이익 등을 곱해 법인세 과세표준을 산출한다. 정부는 해운사가 직간접적으로 보유하지 않은 선박에 대해서는 톤세를 30% 할증(5.2~18.2원)하겠다는 입장이다. 물가 및 운임료 상승을 반영하고 해운사들의 국적 선박 운영을 유도하겠다는 취지다. ★본지 6월 27일자 10면 참조

리쇼어링 기업에 적용되던 소득세·법인세·관세 특례의 일몰 기한도 2027년 말까지 3년 늘어난다. 정부는 해외로 진출했던 기업이 완전 국내로 돌아오거나 비수도권 지역에 부분 복귀하면 소득세·법인세를 7년 동안 100%, 추가 3년간 50% 감면하고 있다. 관세는 완전 복귀한 경우 5년간 100%, 부분 복귀한 경우 5년간 50% 깎아준다.

정부는 국가전략기술과 신성장·원천기술 R&D 비용 세액공제, ‘K칩스법’으로 불리는 국가전략기술 투자세액공제의 적용 기한을 2027년 말까지로 3년 연장하기로 했다. 대구광역시 수성구나 대전 유성구 등 기회발전특구에서 창업을 하거나 특구로 본점을 옮긴 기업은 가업상속공제를 한도 없이 전액 공제받을 수 있다. 다만 이 혜택을 받으려면 기업의 본점 및 주사무소가 특구에 있어야 하며 특구 내 사업장의 상시 근로자가 전체 상시 근로자의 50% 이상이어야 한다.

중소기업과 벤처기업을 돕기 위한 대책도 있다. 정부는 복수의결권제도 도입에 맞춰 관련 특례를 도입한다. 창업주가 복수의결권주식 취득을 위해 보통주를 납입하는 경우 복수의결권 주식을 다시 보통주식으로 전환할 때까지 양도소득세를 매기지 않는다(과세 이연). 벤처기업 주식매수선택권을 행사해 확보한 이익에 대한 소득세 특례도 3년 연장한다. 창업 중소기업 고용 증가 시 세액 감면율도 증가율의 50%에서 100%로 인상한다.

신용카드에 대한 부가가치세 세액공제율도 조정된다. 현재 소매업과 음식점업 등 소비자 상대 업종 중 전년도 공급가액 10억 원 이하인 개인사업자는 신용카드 등으로 결제받거나 현금영수증을 발급한 금액의 1.3%(2027년 이후 1%)를 부가세에서 공제받는다. 정부는 신용카드 사용이 일반화해 전년도 공급가액이 5억 원을 초과하는 사업자에 대해서는 공제율을 현재 1.3%에서 0.65%(2027년 이후 0.5%)로 낮춘다.