재판부는 "당시 현대자동차와 기아자동차 등 7개 지부의 파업행위는 사용자가 예측할 수 없는 시기에 전격적으로 파업이 이뤄져 사업운영에 막대한 손해가 발생했다고 볼 여지가 있다"며 "총파업에 따른 업무방해 부분을 모두 무죄로 판단한 원심은 법리를 오해한 측면이 있다"고 판시했다.
이 전 총장은 2008년 7월 미국산 쇠고기 수입 협상에 반대하는 촛불집회를 주도하고 총파업 찬성률이 조합원 재적 과반 요건에 미치지 못하는데도 수차례 현대·기아차 등의 파업을 유도했으며 쇠고기 운송 차량의 외부 반출을 저지한 혐의 등으로 기소됐다.
1·2심 재판부는 이 전 사무총장에게 징역 1년에 집행유예 2년을 선고했으나 대법원은 이 사건을 고법으로 돌려보냈고 고법 파기환송심은 벌금 1,000만원을 선고했다.