2일 오전 국회에 제출된 체포동의안에 따르면 이 의원은 지난 3월 홍순석 통합진보당 경기도당 부위원장 등 지역책을 통해 "현 정세는 일촉즉발의 전쟁 상황"이라며 조직 차원의 지침을 내렸다. 당시 한반도 정세는 북한의 정전협정 백지화 선언으로 급속하게 냉각되고 있었다.
지침의 주요 내용은 ▦비상시국에 연대조직을 빨리 꾸릴 것 ▦대중을 동원해 광우병 사태처럼 선전전을 실시할 것 ▦미군기지, 특히 레이더기지나 전기시설 등 주요 시설에 대한 정보를 수집할 것 등 세 가지다.
아울러 이 의원은 5월10일 경기도 광주시 소재의 한 청소년 수련원에서 조직원 130여명이 참석한 1차 비밀회합을 개최했다. 그는 1차 회합에서 "또 소집령이 떨어지면 정말 바람처럼 순식간에 오시라"며 "그게 현 정세가 요구하는 우리의 생활태도이자 사업작풍이고 당내 전쟁기풍을 준비하는 데 대한 현실문제라는 것을 똑똑히 기억하라"고 지시했다.
이 지시에 따라 다시 소집된 게 이른바 '이석기 녹취록'으로 세상에 알려진 5월12일 서울 합정동 2차 회합이다.
이 밖에 체포동의안에는 2012년에는 통합진보당 관련 행사에서 혁명동지가ㆍ적기가 등 북한의 혁명가요를 수차례 제창하고 북한의 주장에 동참하는 취지의 강연을 했다는 혐의도 담겼다.
이 의원은 이 같은 혐의를 부인하며 민주당 의원 127명에게 A4용지 3쪽 분량의 친전을 보냈다. 그는 친전을 통해 "국정원이 여론재판으로 저를 한 번 죽이고 체포동의안 처리로 두 번 죽여 자신들이 살아보겠다는 음모를 꾸미고 있다"며 "체포동의안 처리를 거둬달라"고 호소한 것으로 전해졌다.