감사원은 20일 지난해 하반기 실시한 '국세청 기관운영감사' 결과를 공개하고 이 같은 내용 등을 지적했다. 이번 감사에서 국세청은 지난 2000년부터 지난해 8월까지 사망자 1,940명에 대해 3,616건에 걸쳐 812억7,800만원의 국세를 부과했다. 이들 사망자는 과세효력이 없지만 체납세액까지 불어나 감사 시점까지 세금은 1,298억9,200만원으로 증가했다. 국세청은 잘못 부과한 국세를 정리하거나 상속인에 대한 부과방안을 마련하는 조치 등도 취하지 않았다. 이에 따라 사망자 중 1,000만원 이상 상속재산이 있어 세금을 부과할 수 있는 상속인이 884명에 달했지만 과세 역시 이뤄지지 않았다. 감사원은 상속인들에 적절한 과세조치를 취하는 한편 국세청 전산 시스템을 보완해 사망자를 정기 점검하도록 통보했다.
국세청은 또 대법원 판례와 감사원 결정을 무시한 채 기획재정부의 잘못된 국세 예규를 근거로 300억원 넘는 세금환급도 거부한 것으로 드러났다. 대법원이 2013년 6월 장례음식공급사업자에 대해 부가가치세 면세 대상이라고 판결하고 감사원도 부가가치세 환급을 수용하도록 했다. 하지만 기재부가 뒤늦게 대법 판결을 예규에 반영하면서 면세 대상을 예규 개정 이후로 제한하자 국세청은 사업자들에 306억원가량의 세금을 환급하지 않은 것이다. 감사원은 기재부에 법적 근거가 미약한 예규를 정비하는 한편 국세청에 장례식장사업자의 세금 불복을 적절히 수용하도록 통보했다.
감사원은 아울러 국세청이 세무조사를 실시하면서 일관된 기준 없이 조사를 확대해 형평성을 침해하는 사례들을 적발하고 기재부에 관련 제도를 정비하도록 했다.