감사원이 국회에 제출한 '2011 회계연도 결산검사 보고'에 따르면 지출 예산을 편성할 때 21개 사립대학에서 49.5%, 3개 국공립대학에서 3.3% 수준으로 실제 집행 액수보다 과다하게 책정하는 것으로 나타났다. 반면 수입 예산의 경우 28개 대학에서 51.4%, 6개 국공립대학에서 38% 상당 적게 편성하는 것으로 밝혀졌다. 이 조사는 감사원에서 29개 사립대학과 6개 국공립대학을 표본으로 지난 2006년부터 2010년 사이에 발생한 주요 지출과 수입 항목에 대한 예ㆍ결산 간 차이를 검토한 결과다.
예산 편성시 수입 내역을 적게 잡고 지출 내역을 과다하게 책정하면 대학 재정이 상대적으로 악화된 것으로 보일 수 있어 등록금 상승의 근거가 될 수 있다. 실제로 통계청에 따르면 2005년부터 2010년 사이 사립대와 국공립대의 등록금은 각각 25.3%, 30.2% 올랐다. 이는 같은 기간 전체 물가상승률이 16.1%임을 감안했을 때 두 배가량 상승한 수치다.
하지만 현재 '교육관련기관의 정보공개에 관한 특례법' 제7조에 따른 '대학정보공시 지침서'에는 각 대학에서 특정 연도의 수입과 지출 항목별 본예산과 결산 간 차이에 대한 정보를 제공하지 않고 있다.
특히 지난해 반값 등록금이 사회적 이슈가 되면서 여야가 앞다퉈 관련 법안을 제시했지만 아직까지 등록금 원가 공개에 대한 구체적 기준조차 없어 대학 자의적으로 '이현령비현령'식의 공개가 이뤄지고 있다.
한편 일부 국립대학에서 국고에 납부해야 할 예산을 임의로 관리하고 있다는 사실도 밝혀졌다. 강원∙창원∙한경∙전남대의 경우 기성회회계 예산 34억6,863만원으로 취득한 건물을 국가로 기부채납하지 않고 각 대학이 관리하고 있었다.
