별단예금이란 환, 대출, 보관 등 은행의 업무수행상 발생하는 미결제, 미정리 자금 또는 타 예금계정으로 취급할 수 없는 자금 등을 일시적으로 보관하는 은행계정의 명칭이다. 별단예금은 후일 다른 계정으로 대체되거나 지급될 과도적인 예금을 말한다.따라서 일정한 거래기한이나 약관이 없으며 예금증서나 통장 등도 발행되지 않는다. 다만, 필요한 경우에는 예치증, 영수증 또는 확인서 등을 발행줄 뿐이다.
별단예금은 사무처리 중에 일시 예치하는 자금이므로 이자를 지급하지 않는 것이 원칙이나 따로 약정하는 경우에는 별단예금의 최고이율(1%내외) 범위내에서 이자가 지급될 수 있다. 예를 들어 수표분실에 따른 공탁자금에 대하여 은행과 예금주가 상호합의하는 경우에는 별단예금으로 취급된다.