농식품부는 지난 3월 농협의 금융과 경제(유통 등) 사업 분리 과정에서 5조원을 지원하기로 함에 따라 경영개선 MOU 체결을 요구했으나 농협노조 등이 "협동조합의 자율성을 침해하고 정부 산하기관으로 만들려는 것"이라며 강하게 반발해왔다. 정부는 농협의 부족 자본금을 해소하기 위해 1조원을 현물출자하고 4조원은 농협이 자체적으로 채권을 발행해 자금을 조달하면 연간 1,600억원의 이자를 5년 동안 지원하는 대신 이를 '보조금'으로 보고 경영관리가 필요하다는 입장이었다.
그러나 박 위원장은 지난해 말 농협 신경 분리를 위해 여야가 합의한 사항을 정부가 일방적으로 변경한 데 대해 국회 동의가 필요하다는 사실을 강조하며 경영개선협약 체결도 국회 재논의 이후로 미룰 것을 요구해 사실상 서 장관이 이를 수용했다.
여야는 농협 신경 분리에 정부가 5조원을 지원하되 2조원은 유동성을 확보한 자산으로 현물출자하도록 했으나 정부는 올 들어 이를 1조원으로 줄이고 농협금융채권 발행 규모를 3조원에서 4조원으로 늘린 바 있다. 농협에 출자하기로 한 정부 지분에는 5,000억원의 산은금융지주 주식도 포함돼 있으며 이는 향후 산은지주의 기업공개와도 맞물려 있어 정부의 농협 지원 방식을 둘러싼 정치권의 재논의가 관심을 끌 것으로 보인다.