감사원은 "공정위가 담합 혐의로 적발된 주요 정유사와 LPG업체에 대해 법 위반 횟수, 매출액 등을 줄여 과징금을 축소 부과했다"고 지적하자 공정위는 "단순 매출액 계산 실수는 이미 시정했으며 법 위반 횟수 산정은 감사원과 판단상의 차이가 있는 부분"이라면서 재심을 요청하겠다며 반발했다.
감사원이 15일 공개한 공정위의 '2009~2011년 공정거래법 위반 사건 처리 실태' 감사 결과에 따르면 공정위는 SK에너지와 GS칼텍스, 이들 자회사인 LPG공급업체의 담합 행위에 대해 과징금을 부과하는 과정에서 정유사들의 과거 법 위반 횟수와 매출액 등을 축소해 당연히 부과해야 할 과징금 405억에 덜 거뒀다. 구체적으로 원적관리 담합(정유사들이 기존에 보유한 거래처 주유소를 서로 침범하지 않기로 암묵적 합의) 관련 정유사에 부과할 과징금 350억원, LPG업체의 판매가격 담합 관련 과징금 55억원 등이다.
이에 대해 공정위는 "매출액 축소는 담당자의 단순 실수로 과소 부과된 과징금은 재부과해서 이미 완납했고 정유사들의 과거 석유화학제품 담합 사건을 당시 세부품목별로 나눠 처리했는데 이것을 모두 하나의 위반행위로 볼지, 여러 개의 위반행위로 볼지는 감사원과 공정위 간에 판단의 차이가 있기 때문에 부당 감면이라는 것은 사실과 다르다"고 반박했다. 또한 공정위는 "과징금 가중사유인 법 위반 횟수를 의결일 기준으로 할지, 위반행위 발생일 기준으로 할지는 과징금 부과 세부기준고시의 해석에 관한 사항이며 감사원과 공정위 간 판단상의 차이가 있는 부분"이라고 해명했다.
한편 감사원은 축소된 과징금을 해당 정유사에 부과하고 신규 매출액을 누락한 담당자 2명을 징계하라고 공정위에 요구했다.