교황의 일정에서 가장 눈에 띄는 부분은 25일 팔레스타인 서안지구 베들레헴 방문이다. 경유지가 아닌 목적지로 이곳을 찾는 교황은 그가 처음이기 때문이다. 팔레스타인 측은 교황의 베들레헴 방문이 지난해 유엔 총회가 인정한 '국가'로서의 지위를 재확인시켜주는 계기가 될 것으로 기대하고 있다.
그러나 이스라엘 측은 이에 "만족스럽지 않다"고 공공연히 밝히고 있으며 같은 날 교황이 팔레스타인 난민촌 아이 등과 점심을 먹는 것에 대해서도 불만을 표시하고 있다.
반대로 팔레스타인도 26일 교황의 이스라엘 일정에 분통을 터뜨리고 있다. 교황이 역대 교황 중 최초로 시오니즘의 창시자로 유대국가 건설을 주창한 시어도어 헤르츨의 무덤에 헌화할 계획이기 때문이다. 첫 방문지인 요르단도 불만이다. 요르단 왕궁이 교황을 24일 만찬에 초청했지만 교황이 이를 거부하고 기내식을 선택했기 때문이다. 이 같은 논란에 대해 교황청 측은 "이번 방문은 순수히 종교적인 목적"이라며 "정치적인 의도는 전혀 없다"고 해명했다.