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Q 지난 99년 주택을 취득한 A씨는 해당 주택에 대한 재건축이 이루어진 뒤 청산금을 납부하고 2004년 12월 신축주택을 취득했다. 그 후 2007년 신축주택을 양도하고 양도소득세를 납부했다. 그런데 신축주택(2001년 5월23일~2003년 6월30일 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택)에 대한 양도소득세가 전액 감면된다는 사실을 뒤늦게 알게 된 A씨는 2010년 관할 세무서장에게 양도소득세 환급을 요구하는 경정청구를 제기했다. 하지만 세무서장은 구 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득은 감면대상이 아니라는 이유로 경정청구를 거부했다. 결국 A씨는 신고납부한 양도소득세 전액의 환급을 구하는 소송을 제기했다. A씨는 양도소득세를 전액 환급받을 수 있을까.
A 지난 2002년 12월 개정되기 전의 조세특례제한법의 특례조항(제99조의3 제1항)에 따르면 신축주택을 취득해 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면됐다. 다만 5년을 경과해 양도하면 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서만 세금을 내도록 한 제한적인 과세특례를 적용했다. 또 대법원은 특례조항 감면대상인 '신축주택 취득일부터 5년 이내 양도'는 '기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득'과 '신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득'을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면돼야 한다고 판단했다.
대법원 판결을 적용하면 A씨는 양도소득세 전액을 환급받을 수 있다. 구 주택의 소유자가 재건축·재개발에 따라 신축주택을 취득하든, 주택건설사업자가 건설한 신축주택을 새로 취득하든 취득일부터 5년 이내에 양도하면 구 주택의 소유기간(위 사례에서는 1999년~2004년)에 발생한 양도차익에 대해서도 양도소득세를 전액 감면받게 되므로 양도자는 납부할 양도소득세가 없게 된다.
이와 달리 신축주택 취득일부터 5년이 지나 양도하게 되면 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 받게 되므로 5년을 제외한 나머지 기간 중 발생한 양도소득에 대해서는 양도소득세를 납부할 의무가 있게 된다.
신축주택은 양도시기에 따라 양도소득세 감면 범위가 완전히 달라진다. 따라서 신축주택을 취득해 취득일부터 5년 이내에 양도하고 양도소득세를 신고납부하였다면 법정신고기한(양도일이 속하는 해의 다음 해 5월31일) 다음날부터 3년 이내(2015년부터는 5년으로 연장 예정)에 경정청구를 해 이미 납부한 양도소득세를 전액 환급받을 수 있다.
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