국방부는 5일 한민구 장관 주재로 합참의장과 각군 참모총장이 참석한 메르스 관련 대책회의를 갖고 환자가 발생한 위험지역 소재 부대 소속 장병의 휴가와 외출·외박·면회를 전면 통제하기로 했다. 위험 지역의 현역 입영 대상자와 예비군의 입영도 늦춰졌다. 다만 군은 말년 휴가와 경조사에 의한 청원 휴가는 정상 시행할 방침이다. 환자 발생지역이 아닌 기타지역에는 각군의 판단에 따라 휴가 등을 조정하도록 했다.
국방부의 이 같은 대책은 메르스의 군내 유입을 사전 차단하기 위한 것이다. 군은 5일 새벽 해군에서도 메르스 확진 환자와 밀접접촉자가 발견됨에 따라 84명에 대한 추가 격리 조치를 내렸다. 이에 따라 군이 격리한 인원은 모두 170여명으로 늘어났다. 그러나 군은 확진 판정을 받은 공군 A원사를 제외한 나머지 인원은 발열 등의 증세가 전혀 나타나지 않았다고 강조했다. 예방 관찰 차원에서 격리시켰을 뿐 의심환자가 군에 늘어나는 것은 전혀 아니라는 것이다.
군은 메르스 확진 판정을 받고 대전 소재 모병원에 입원 중인 할아버지를 문병했던 해군 소속 여군 B 하사를 국군수도병원에 5일 새벽 격리 입원시키고 전남 영암 소재 모 해군부대에서 B 하사와 함께 교육받던 장병들도 병사 생활관 등 영내 시설에 격리, 수용했다. 국방부의 한 관계자는 "B 하사 등 밀접접촉자로 구분된 9명의 장병들에 대한 감염 여부 결과가 6일 오전 중 나올 것"이라고 말했다.
군은 이렇다 할 징후를 보이지 않고 있는 밀접관찰자들이 음성 판정을 받을 경우 예방관찰 차원에서 격리하고 있는 장병들을 정상 근무로 복귀시킬 방침이다. 김민석 국방부 대변인은 "격리 인원 중에 증상을 보이는 장병은 단 한 명도 없다"며 "군은 보건 당국과는 별도로 현재 3개 역학 조사반을 운용, 예방 격리 활동을 펼치고 있다"고 말했다. 군은 이벤트성 행사를 연기한다는 방침 아래 영화 연평해전의 군 시설과 병영 내 시사회를 무기 연기했다.