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건국대학교는 2016학년도 정시모집에서 총 1,524명을 선발한다. 올해 교육부의 고교교육 정상화 기여대학 지원사업에서 최우수대학으로 선정된 건국대는 정시모집에서 가·나·다군 모두 수능 90%와 학생부 10%를 반영해 선발하며 모든 모집단위에서 학과별로 선발한다. 학생부 반영방법은 학년별 반영비율 없이 반영교과별 상위 3과목만 반영하며 과목별 이수단위는 고려하지 않고 3학년 2학기 성적까지 반영된다. 원서접수 기간은 오는 24일부터 28일까지다.
건국대는 2016학년도부터 학사구조를 개편하고 기존 15개 단과대학 73개 전공(학과)에서 63개 학과단위로 신입생을 선발한다. 기존 단과대학 모집단위(정치대학, 상경대학, 경영대학 등), 학부 모집단위(경영·경영정보학부, 기계공학부 등), 학과 모집단위(철학과, 사학과 등)를 혼용하던 것을 모두 학과단위로 통일해 선발하므로 이를 정확하게 확인하고 지원해야 한다.
또 학문 경쟁력 강화를 위해 동물생명과학대학 동물생명공학과의 명칭과 교육과정을 '줄기세포 재생생물학과'로 개편해 국내 대학 가운데 처음으로 학부과정 줄기세포학과를 신설, 2016학년도 입시에서 첫 신입생을 모집한다. 글로벌융합대학 국제학부는 학부이름을 바꿔 '글로벌비즈니스학부'로 확대해 입학정원을 34명으로 늘렸다. 생명환경과학대학 사회환경시스템공학과는 '사회환경플랜트공학과'로, 공과대학 토목공학과는 '인프라시스템공학과'로 학과 이름이 바뀌었다.
정시전형에서는 작년과 동일한 방법으로 '1개 모집단위는 1개 군에서만 선발'하며, 대형 모집단위인 경영학과의 경우 나군과 다군에서 분할 모집한다.
