아울러 문재인 대통령은 고졸신화인 김동연 부총리 겸 기획재정부 장관을 비롯해 ‘7급 신화’의 이정도 총무비서관, ‘9급 신화’로 알려진 라승용 농촌진흥청장, 김종진 문화재청장 등을 대거 발탁해 공직사회에 신선한 기운을 불어넣기도 했다. 아울러 호남 출신 인사 등을 대거 기용하면서도 영남과의 비율을 조절하는 등 지역안배 문제에도 심혈을 기울였다.
특히 문 대통령은 ‘금녀’의 벽으로 불리던 외교부 장관에 강경화 장관을 임명하는 등 여성 인재를 대거 기용했다. 피우진 보훈청장을 비롯해 김현미 국토교통부 장관, 김은경 환경부 장관, 정현백 여성가족부 장관, 김영주 고용노동부 장관 등을 임명하며 공약했던 30% 여성 채용에 근접한 18명 중 5명(27.8%)을 여성 장관으로 뽑았다.
그러나 인사 문제에서 문제점도 드러났다. 안경환 법무부 장관 후보자와 조대엽 노동부 장관 후보자가 ‘강제혼인’ ‘위장전입’ 문제로 자진사퇴했고 청와대 국가안보실 2차장에 올랐던 김기정 교수와 박기영 과학기술혁신본부장도 논란 끝에 사퇴했다.
특히 황우석 사태에 연루됐던 박 전 본부장의 임명으로 ‘참여정부 출신이면 프리패스’라는 논란도 일었다. 실제로 문 대통령은 천해성 통일부 차관, 조현 외교부 2차관 등 자신과 한솥밥을 먹었던 인사들을 주요 보직에 임명하기도 했다. 또 부적절한 여성관을 책으로 펴내 논란이 됐던 탁현민 행정관을 계속해서 기용하는 등 문 대통령의 ‘코드인사’ 논란은 계속해서 불거져나왔다.