재단은 역사현장 보존과 암매장 사건 재구성을 위해 조현종 전 국립광주박물관장을 현장 총괄로 임명하는 등 고고학 분야 전문가로 발굴사업단을 꾸렸다.
광주교도소는 1995년 5월 29일 당시 서울중앙지방검찰청이 작성한 ‘12·12 및 5·18사건’ 관련 자료가 발견되면서 발굴 논의가 본격화됐다. 문건에는 1980년 당시 사망한 12구의 시체가 옛 광주교도소 인근에 매장됐다는 내용이 담겨있다. 당시 3공수여단 본대대장이었던 김모 소령은 1995년 5월 29일 검찰 조사에서 “교도소 담장에서 약 3m 떨어진 곳에 시신을 매장했다” “관이 아닌 가마니로 시신을 2구씩 덮은 뒤 땅에 묻었다” 등의 발언을 한 것으로 알려졌다. 5·18단체는 1980년 5월 당시 계엄군으로 투입된 3공수 지휘관이 작성한 약도와 시민 제보 등을 토대로 옛 교도소 재소자 농장 터를 행불자 암매장지로 지목했다.
재단은 암매장 발굴이 옛 교도소뿐만 아니라 향후 전남 화순 너릿재 등 다른 지역에서도 일관성 있게 이어지도록 전남대 법의학교실에 신원확인 절차를 맡기도록 검찰에 요구하고 있다.