9일 행정안전부에 따르면 확진자 발표가 난 8일 행안부는 즉시 대책지원본부를 가동하고 관련 부처와 지자체에 협조요청사항 파악·지원 등에 나섰고 보건복지부 질병관리본부도 중앙방역대책본부를 설치해 대응에 나섰다.
지자체들도 선제적 대응을 위해 비상근무체제에 들어가는 등 분주하게 움직이고 있다.
서울시는 8일 오후 메르스대책반을 꾸려 질병관리본부와 함께 환자 접촉자 수를 파악하고 있다. 이날 경기도 역시 재해대책본부 설치하고 도내 거주하는 2명의 밀접촉자를 대상으로 자가격리 조치를 했으며 인천시는 방역대책반을 구성하고 지역 보건소와 의료기관 감시체계 강화를 요청했다. 대전시는 9일 비상방역대책본부를 구성해 매뉴얼에 따라 대응하는 등 만일의 사태에 대비하고 있다. 다른 지자체들도 방역·대책본부 설치 등을 검토하는 가운데 상황을 주시하면서 초기대응에 실패하지 않게 위해 만전을 기하고 있다.